В 1988 году Алевтина Черникова завершила свою учебу в университете и начала работу в Научно-исследовательском институте имени Шевякова. Следующим этапом её карьеры стал переход в ООО «Системсервис» в 1993 году, компанию, специализирующуюся на разработке автоматических систем управления для предприятий. За последующее десятилетие она успешно выросла в должности до главного бухгалтера и финансового директора в этой организации.

Параллельно с основной трудовой деятельностью, Алевтина Анатольевна Черникова начала свою педагогическую карьеру и преподавала на кафедре «Экономики и менеджмента». В это время она получила звание доцента. В 2002 году Алевтина Черникова успешно защитила диссертацию, получив степень кандидата экономических наук.

В 2003 году Алевтина Анатольевна приняла решение завершить свою деятельность в компании «Системсервис» и полностью посвятить себя академической работе в университете. Следующим важным этапом стало назначение её заместителем директора научно-исследовательского центра в СТИ НИТУ «МИСиС».

В 2008 году Алевтина Черникова успешно защитила докторскую диссертацию и была назначена директором научно-исследовательского центра университета «МИСиС». Через два года она была удостоена звания профессора.

В 2012 году Алевтина Анатольевна Черникова была назначена проректором и временно исполняющей обязанности ректора Национального исследовательского технологического университета «МИСиС», а уже в следующем году официально вступила в должность ректора университета.

За время своего ректорства в НИТУ «МИСиС» Алевтина Черникова активно развивала учебное заведение. Благодаря её способностям в области бюджетного планирования, университет получил значительные финансовые ресурсы для осуществления проектов, включая строительство современного студенческого городка, обеспечивающего комфортное проживание и учебу тысяче студентов. Под её руководством Национальный исследовательский технологический университет «МИСиС» заслужил высокие оценки в российских и международных рейтингах лучших вузов.